Guides d’utilisations :
Le guide du langage d’ontologie Web OWL, Recommandation du W3C du 10 février 2004. La référence du langage d’ontologie Web OWL, Recommandation du W3C du 10 février 2004.
Références générales : Michener, W.K. & Brunt, J.W. (2000) Ecological data – Design, management and processing. Methods in Ecology, pp. 180. Blackwell, Oxford. Jones, M.B., Schildhauer, M.P., Reichman, O.J. & Bowers, S. (2006) The new bioinformatics : Integrating ecological data from the gene to the biosphere. Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics, 37, 519-544. Laporte, M.-A. (2011) Définition de standards de données relatifs aux traits fonctionnels des végétaux pour l’étude le la biodiversité. Doctorat PhD, Montpellier II Sciences et Techniques du Languedoc, Montpellier. Madin, J., Bowers, S., Schildhauer, M., Krivov, S., Pennington, D. & Villa, F. (2007) An ontology for describing and synthesizing ecological observation data. Ecological Informatics, 2, 279-296. Madin, J.S., Bowers, S., Schildhauer, M.P. & Jones, M.B. (2008) Advancing ecological research with ontologies. Trends in Ecology and Evolution, 23, 159-168. Michener, W.K. (2006) Meta-information concepts for ecological data management. Ecological Informatics, 1, 3-7. Michener, W.K. & Jones, M.B. (2012) Ecoinformatics : supporting ecology as a data-intensive science. Trends in Ecology & Evolution, 27, 85-93. Morgat, A. & Rechenmann, F. (2002) Modélisation des données biologiques. Médecine/Sciences, 18, 366-374. Reichman, O.J., Jones, M.B. & Schildhauer, M.P. (2011) Challenges and opportunities of open data in ecology. Science, 331, 703-705. Workshop AnaEE France « Sémantique & ontologies »
Un workshop AnaEE-France dédié à la question de la sémantique et des ontologies, à partir de retour d’expériences, s’est déroulé les 5 et 6 décembre 2013 à la Station d’Écologie Expérimentale du CNRS de Moulis (Ariège). Au-delà de la découverte des notions de vocabulaire contrôlé et d’ontologie, l’objectif principal de ce workshop était d’identifier des solutions pour répondre aux enjeux d’AnaEE-France en matière de gestion et mise à disposition de données et d’orienter les décisions à prendre au sein de la communauté scientifique et technique d’AnaEE-France.
Références Tâche 1 : Darwin Core website XEML Environment Ontology website
Références Tâche 2 : Laporte, M.-A., Mougenot, I. & Garnier, E. (2012) ThesauForm – Traits : a web based collaborative tool to develop a thesaurus for plant functional diversity research. Ecological Informatics, 11, 34-44. Williams, R.J., Martinez, N.D. & Golbeck, J. (2006) Ontologies for ecoinformatics. Journal of Web Semantics, 4, 237-242.
Références Tâche 3 : Hankam, C. , Bellatreche, L. , Dehainsala, H. , Ait Ameur, Y. , Pierra, G. (2009) SISRO : Conception de bases de données à partir d’ontologies de domaine. TSI, 28, 1-29. Mungall, F & Emmert, D. & the Flybase consortium (2007) A Chado case study : an ontology-based modular schema for representing genome-associated biological information. Bioinformatics, 23, 337-346