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Accueil > Thématiques > Mise à disposition des données et web sémantique > Interopérabilité

Références

par LAPORTE Baptiste, QUIDOZ Marie-Claude - publié le , mis à jour le

Références générales :
- Michener, W.K. & Brunt, J.W. (2000) Ecological data – Design, management and processing. Methods in Ecology, pp. 180. Blackwell, Oxford.

- Jones, M.B., Schildhauer, M.P., Reichman, O.J. & Bowers, S. (2006) The new bioinformatics : Integrating ecological data from the gene to the biosphere. Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics, 37, 519-544.

- Laporte, M.-A. (2011) Définition de standards de données relatifs aux traits fonctionnels des végétaux pour l’étude le la biodiversité. Doctorat PhD, Montpellier II Sciences et Techniques du Languedoc, Montpellier.

- Madin, J., Bowers, S., Schildhauer, M., Krivov, S., Pennington, D. & Villa, F. (2007) An ontology for describing and synthesizing ecological observation data. Ecological Informatics, 2, 279-296.

- Madin, J.S., Bowers, S., Schildhauer, M.P. & Jones, M.B. (2008) Advancing ecological research with ontologies. Trends in Ecology and Evolution, 23, 159-168.

- Michener, W.K. (2006) Meta-information concepts for ecological data management. Ecological Informatics, 1, 3-7.

- Michener, W.K. & Jones, M.B. (2012) Ecoinformatics : supporting ecology as a data-intensive science. Trends in Ecology & Evolution, 27, 85-93.

- Morgat, A. & Rechenmann, F. (2002) Modélisation des données biologiques. Médecine/Sciences, 18, 366-374.

- Reichman, O.J., Jones, M.B. & Schildhauer, M.P. (2011) Challenges and opportunities of open data in ecology. Science, 331, 703-705.

- Workshop AnaEE France « Sémantique & ontologies »
Un workshop AnaEE-France dédié à la question de la sémantique et des ontologies, à partir de retour d’expériences, s’est déroulé les 5 et 6 décembre 2013 à la Station d’Écologie Expérimentale du CNRS de Moulis (Ariège). Au-delà de la découverte des notions de vocabulaire contrôlé et d’ontologie, l’objectif principal de ce workshop était d’identifier des solutions pour répondre aux enjeux d’AnaEE-France en matière de gestion et mise à disposition de données et d’orienter les décisions à prendre au sein de la communauté scientifique et technique d’AnaEE-France.

Références Tâche 1 :
- Darwin Core website

- XEML Environment Ontology website

Références Tâche 2 :
- Laporte, M.-A., Mougenot, I. & Garnier, E. (2012) ThesauForm – Traits : a web based collaborative tool to develop a thesaurus for plant functional diversity research. Ecological Informatics, 11, 34-44.

- Williams, R.J., Martinez, N.D. & Golbeck, J. (2006) Ontologies for ecoinformatics. Journal of Web Semantics, 4, 237-242.

Références Tâche 3 :
- Hankam, C. , Bellatreche, L. , Dehainsala, H. , Ait Ameur, Y. , Pierra, G. (2009) SISRO : Conception de bases de données à partir d’ontologies de domaine. TSI, 28, 1-29.

- Mungall, F & Emmert, D. & the Flybase consortium (2007) A Chado case study : an ontology-based modular schema for representing genome-associated biological information. Bioinformatics, 23, 337-346